Озеро Малые Швакшты относится к бассейну реки Страча, которая из него вытекает. Расположено на территории Республиканского заказника «Швакшты».
Местность вокруг водоема преимущественно холмистая, большей частью заросшая сосняком и ельником, на 14% болотистая. Озеро эвтрофного типа, богатое питательными веществами и планктоном. Окружено обширной заболоченной поймой, поросшей луговой и болотной растительностью, редким кустарником. Берега низкие, заболоченные, поросшие кустарником, частично редколесьем, местами торфянистые. Мелководье обширное, вдоль берегов песчаное, глубже дно илистое. Наибольшая глубина зафиксирована в центре северо-западной части озера. Наблюдается сильное зарастание водоема. Вдоль берегов озеро в зарослях рогоза, тростника, хвоща и камыша шириной 50-100 м, с увеличением глубины прибрежная растительность сменяется кубышкой, рдестом, кувшинкой, телорезом и элодеей. Дно озера покрыто сплошным ковром подводной растительности. Имеется два острова общей площадью около 38 га. С юго-восточной стороны соединено широкой протокой с озером Большие Швакшты, с северо-восточной ручьем с небольшим безымянным озером. В водоем впадают три ручья.
Малые и Большие Швакшты образуют единую гидрологическую систему с Болдукской группой озер, комплекса «Голубые озера».
Типичные представители ихтиофауны озера: лещ, щука, линь, плотва, окунь, красноперка.